連續多次榮獲政府和行業組織授予的榮譽：榮獲第二屆國家期刊獎百種重點期刊;連續三屆(2013，2015，2017)入選國家新聞出版廣電總局“百強報刊”;連續五屆榮獲中國精品科技期刊并于2016年入選百種中國杰出學術期刊;2012，2013，2014年榮獲中國國際影響力優秀學術期刊獎;教育部第四、五屆中國高校精品科技期刊;連續七屆榮獲陜西省精品科技期刊;2021年入選陜西省首屆“三秦卓越科技期刊”;2021年度中國農業期刊領軍期刊，2022，2024年度中國高校科技期刊建設示范案例庫百佳科技期刊;2023， 2024年度中國農業期刊行業“優秀團隊”及“融媒體先進單位”。

　　《西北植物學報》被北京大學《中文核心期刊要目總覽》來源期刊、中國科技核心期刊、中國科學引文數據庫(CSCD)來源期刊核心期刊、《中國學術期刊(光盤版)影響因子年報》統計源期刊、RCCSE中國核心學術期刊、科技期刊世界影響力指數報告(WJCI)、中國開放獲取期刊數據庫(China Open Access Journal，COAJ)、荷蘭《文摘與引文數據庫》(Scopus)、瑞典開放存取期刊目錄(DOAJ)、美國《生物學文摘預評》(BA)、美國化學文摘社(CAS)、英國《國際農業與生物中心文摘》(CABI)、俄羅斯《文摘雜志》(AJ)、日本《科學技術振興機構數據庫》(JST)等多種國內外著名檢索機構收錄，是中國植物學領域學術成果走向世界的重要橋梁。