本學報榮獲1996年國家教委系統優秀科技期刊二等獎和廣東省第二屆優秀科學技術期刊二等獎;1999年榮獲全國優秀高校自然科學學報及教育部優秀科技期刊一等獎，同年獲第二屆廣東省優秀高校學報一等獎;2001年榮獲廣東省優秀期刊獎和廣東省優秀科技期刊一等獎;2004年獲全國高校優秀科技期刊二等獎;2006年獲首屆教育部優秀科技期刊獎;2008年榮獲第二屆教育部優秀科技期刊獎;2009年榮獲2008年度“中國百種杰出學術期刊”和“中國精品科技期刊”稱號;2010年榮獲“中國高校精品科技期刊獎”和“廣東省優秀期刊獎”;2011年榮獲“中國精品科技期刊獎”、“廣東省優秀科技期刊一等獎”、“中國高校科技期刊優秀團隊”和“中國高校科技期刊優秀網站”;2012年榮獲“中國高校精品科技期刊獎”;2013年榮獲“中國國際影響力優秀學術期刊獎”、“中國高校科技期刊優秀網站”;2014年榮獲“中國高校精品科技期刊獎”;2015年榮獲“廣東省精品科技期刊”、“中國高校科技期刊優秀網站”;2016年榮獲“中國高校百佳科技期刊”;2017年榮獲“廣東省精品科技期刊”、“中國高校科技期刊優秀團隊”; 2018年榮獲“中國高校百佳科技期刊”、“第五屆廣東省品牌期刊”;2021年榮獲“廣東省精品科技期刊”;2022年榮獲“首屆廣東出版政府獎期刊獎“、”中國高校百佳科技期刊“;2024年榮獲“廣東省品牌期刊獎”。