連續多年先后被《中國科技論文統計源》、《中國科學引文數據庫》、《中國核心期刊(遴選)數據庫》、《中文核心期刊要目總覽》《中國科技術期刊文摘(CSTA)數據庫》、《中國學術期刊綜合評價數據庫》、英國《國際農業與生物科學研究中心(CABI)文摘》、美國《農業文獻題錄》(B of A)、美國《國際藥學文摘》(IPA)、英國《動物學記錄》(ZR)、俄羅斯《文摘雜志》(AJ)、《中國農業文摘》、《中國生物學文摘》、《中國藥學文摘》、《中國林業文摘》、《食品文摘》、《中國期刊網》、《中國學術期刊(光盤版)》、“萬方數據庫(ChinaInfo)—數字化期刊群”、《中國農業科技文獻數據庫(CASDD)光盤》等20多種國內外著名檢索刊物及文獻數據庫摘引和全文收錄。

　　1989年以來，學報曾13獲次省部級獎勵、5次獲全國及省級行業學會獎勵。其中，1999年獲全國優秀高等學校自然科學學報及教育部優秀科技期刊一等獎，1999-2005年連續4次獲吉林省自然科學十佳期刊稱號，2004年 獲北方八省、市、區第一屆北方優秀期刊稱號，2004年獲教育部全國高校優秀科技期刊一等獎，2007年被吉林省人民政府授予吉林省新聞出版獎――期刊精品獎, 2008年獲教育部中國高校優秀科技期刊獎,2009年被評為首屆吉林名刊, 2009年《吉林農業大學學報》榮獲全國高校科技期刊優秀編輯質量獎，2010年獲全國高校精品科技期刊獎。