《林業工程學報》曾獲江蘇省科協精品期刊獎、第八屆江蘇科技期刊“金馬獎”、“十佳期刊設計獎”和“十佳創新團隊獎”。

　　2014年，該刊編輯部獲“中國高校技術類科技期刊優秀團隊”稱號。

　　2016、2018年度，該刊獲得中國高校優秀科技期刊獎。