1959年 六月學(xué)校第一期學(xué)報《南京中醫(yī)學(xué)院學(xué)報》出版發(fā)行。學(xué)報是在原《學(xué)習(xí)通訊》的基礎(chǔ)上發(fā)展起來的。《學(xué)習(xí)通訊》原名《針灸學(xué)習(xí)通訊》，創(chuàng)刊于1956年春季，當(dāng)時是專為院外針灸教學(xué)而辦的。1957年春更名為《學(xué)習(xí)通訊》，它的讀者對象擴大到函授進修教學(xué)方面。

　　1960年 二月本月我院學(xué)報編印了一期《臨床經(jīng)驗匯編》專刊，作為向黨代會的獻禮。專刊匯編了附院內(nèi)科、兒科、外痔科、眼科、推拿傷科、針灸科臨床經(jīng)驗文章38篇。

　　1979年 一月13日省教育衛(wèi)生辦公室批復(fù)：同意我院創(chuàng)辦《南京中醫(yī)學(xué)院學(xué)報》，內(nèi)部發(fā)行。

　　1984年 九月29日省科委同意《南京中醫(yī)學(xué)院學(xué)報》由內(nèi)部刊物調(diào)整為限國內(nèi)發(fā)行的正式刊物。

　　1987年我院學(xué)報編輯室1987年度工作總結(jié)，學(xué)報發(fā)行量由1986年的390份，上升至千余份。

　　1989年學(xué)報編輯室進行1989年工作總結(jié)。1989年訂戶有381戶，437冊；贈送、交換610冊，共發(fā)行1047冊。上半年獲全省高校自然科學(xué)學(xué)報編輯質(zhì)量三等獎；下半年參加全國高等醫(yī)藥院校學(xué)報質(zhì)量評比，獲優(yōu)秀學(xué)報三等獎。

　　1993年 九月14日我院申請《南京中醫(yī)學(xué)院學(xué)報》自1994年起改為雙月刊（注：1994年起即改為雙月刊）。

　　1995年

　　一月 18日學(xué)報編輯室由中醫(yī)藥文獻研究所劃出，隸屬科研處。

　　三月《南京中醫(yī)學(xué)院學(xué)報》正式更名為《南京中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報》。

　　九月6日省教委通報高校自然科學(xué)學(xué)報系統(tǒng)“三優(yōu)”評比結(jié)果：我校學(xué)報為優(yōu)秀學(xué)報，范欣生、許志泉為優(yōu)秀編輯工作者。

　　1997年 十月本月江蘇省新聞出版局、江蘇省科技委員會和江蘇省期刊協(xié)會對全省291種期刊進行了質(zhì)量評估分級。我校《南京中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報》被評為優(yōu)秀期刊、一級期刊，并獲封面設(shè)計獎。

　　1998年

　　一月 18日根據(jù)學(xué)校發(fā)展需要，校領(lǐng)導(dǎo)研究決定原科研處學(xué)報編輯部由科級機構(gòu)升格為副處級機構(gòu)，歸屬科研處管理。

　　十月9日南京中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報被江蘇省新聞出版局、江蘇省科技委員會評為“江蘇省優(yōu)秀期刊”。

　　1999年

　　五月4日《南京中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報》在1999年江蘇省普通高校優(yōu)秀自然科學(xué)學(xué)報評比中獲二等獎。

　　六月本月《南京中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報》社會科學(xué)版獲得國家中醫(yī)藥管理局出版許可。

　　七月本月在第三屆江蘇省期刊評優(yōu)和質(zhì)量評估分級活動中，《南京中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報》被評為江蘇省優(yōu)秀期刊、一級期刊。

　　2000年我校學(xué)報社科版今年加入中國學(xué)術(shù)期刊光盤版并獲得中國學(xué)術(shù)期刊（光盤版）、《CAJ-CDG規(guī)范》優(yōu)秀獎。1名編輯被評為江蘇省教委學(xué)報優(yōu)秀編輯。

　　2002年十二月本月我校學(xué)報（自然科學(xué)版）被評為首屆江蘇期刊方陣第一層面及雙十佳期刊。

　　2006年十二月本月經(jīng)教育部科技司組織專家評審，《南京中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報》榮獲首屆中國高校優(yōu)秀科技期刊獎。

　　2008年三月15日在江蘇省新聞出版局舉辦的“第六屆全省期刊質(zhì)量評估定級工作及江蘇省優(yōu)秀期刊評選”活動中，《南京中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報》（自然科學(xué)版）被評為優(yōu)秀期刊。

　　2008年十二月本月根據(jù)《中文核心期刊要目總覽》編委會通知，《南京中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報》入編《中文核心期刊要目總覽》2008年版。同時，《南京中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報》編輯部還被評為“2008年高校科技期刊先進集體”。

　　2009年

　　三月本月《南京中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報》再次被收入為”中國科學(xué)引文數(shù)據(jù)庫來源期刊”，有效期：2009～2010年，證書編號：CSCD2009E07E-0516。

　　十一月本月《南京中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報》在2009年華東地區(qū)優(yōu)秀期刊評選中榮獲第四屆華東地區(qū)優(yōu)秀期刊獎。

　　2010年十月 27日全國高等學(xué)校文科學(xué)報研究會于2010年4月至7月開展了第四屆全國高校社科期刊評優(yōu)活動。經(jīng)教育部社會科學(xué)司同意，《南京中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報（社會科學(xué)版）》“中醫(yī)文化”專欄被總評委員會評為特色欄目。

　　2011年十二月本月根據(jù)《中文核心期刊要目總覽》編委會通知，《南京中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報》入編《中文核心期刊要目總覽》2008年版。同時，學(xué)報網(wǎng)站還被評為首屆中國高校科技期刊優(yōu)秀網(wǎng)站。

　　2012年 十一月中國高校學(xué)報研究會于8月至9月開展了第四屆中國高校優(yōu)秀科技期刊評比活動，經(jīng)教育部科學(xué)技術(shù)司同意，《南京中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報》被評為“第四屆中國高校優(yōu)秀科技期刊獎”。

　　2014年

　　九月經(jīng)中國精品科技期刊（國家科技部中國信息技術(shù)研究所）遴選指標體系綜合評價，《南京中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報》（自然科學(xué)版）入選 “第3屆中國精品科技期刊”，即“中國精品科技期刊頂尖學(xué)術(shù)論文（F5000）”項目來源期刊。有效期從2014年9月至2017年12月。

　　十月《南京中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報》榮獲第五屆中國高校優(yōu)秀科技期刊獎。

　　十二月《南京中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報》再一次入編《中文核心要目總覽》2014年版。在中國醫(yī)學(xué)類目中排名第14。

　　2015年 一月在江蘇省科技期刊學(xué)會主辦的第六屆江蘇科技期刊"金馬獎"評選活動中,《南京中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報》榮獲“特色期刊獎”。

　　十二月《南京中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報》在江蘇省新聞出版廣電局組織的江蘇省科技類學(xué)術(shù)期刊出版質(zhì)量綜合評估工作中，綜合評估得分為84.855分。在參評的43種醫(yī)藥、衛(wèi)生類期刊中排名第2，在參評的39種大學(xué)學(xué)報類期刊中排名第5，在參評的222種科技類學(xué)術(shù)期刊中排名第17。

　　2016年 十月按照2016年度中國高校杰出·百佳·優(yōu)秀科技期刊遴選方案，經(jīng)中國高校科技期刊研究會常務(wù)理事會議審定，共選出中國高校杰出科技期刊20種（其中英文科技期刊10種）、中國高校百佳科技期刊104種、中國高校優(yōu)秀科技期刊254種。《南京中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報》被評為中國高校百佳科技期刊。

　　十二月在江蘇省科技期刊學(xué)會主辦的第七屆江蘇科技期刊“金馬獎”評選活動中,《南京中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報》榮獲“十佳特色期刊獎”“十佳期刊設(shè)計獎”。

　　2017年 十月 《南京中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報》在2017年華東地區(qū)優(yōu)秀期刊評選中獲得第六屆華東地區(qū)優(yōu)秀期刊獎。

　　十二月《南京中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報》的“實驗欄目”專欄在2017年度江蘇期刊“明珠獎”（特色欄目、優(yōu)秀策劃）推薦評選活動中被評為特色欄目。

　　2018年 九月《南京中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報》入選《中文核心期刊要目總覽》2017年版（第8版）“中國醫(yī)學(xué)類”核心期刊，這是我校學(xué)報繼2008年以來連續(xù)第4次入選北大中文核心期刊。

　　十月中國高校科技期刊研究會正式公布了2018年度中國高校杰出·百佳·優(yōu)秀科技期刊的評選結(jié)果，從全國1600多種高校科技期刊中，共評選出“中國高校杰出科技期刊”24種，“中國高校百佳科技期刊”120種，“中國高校優(yōu)秀科技期刊”238種。《南京中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報》入選“中國高校百佳科技期刊”。

　　十一月中國社會科學(xué)評價研究院于11月16日在“第五屆全國人文社科高峰論壇暨期刊評價會”上發(fā)布《中國人文社科學(xué)期刊AMI綜合評價報告（2018年）》，《南京中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報（社會科學(xué)版）》進入了中國人文社會科學(xué)期刊評價報告（AMI）擴展版。

　　2019年五月中國科學(xué)院文獻情報中心發(fā)布了中國科學(xué)引文數(shù)據(jù)庫（CSCD）2019-2020年來源期刊遴選結(jié)果，《南京中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報》再次入選CSCD核心庫（CSCD-C）來源期刊。這是學(xué)報繼2017年以來連續(xù)2次入選CSCD-C來源期刊。

　　九月中華中醫(yī)藥學(xué)會聯(lián)合中國中醫(yī)科學(xué)院發(fā)布了“首個中醫(yī)藥科技期刊分級目錄（T1、T2級期刊）”，《南京中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報》位列T2級期刊中醫(yī)類（共17種）第1位。

　　十一月《南京中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報（社會科學(xué)版）》在2019年第六屆高校社科期刊評優(yōu)活動中，榮獲“全國高校社科優(yōu)秀期刊”，《中醫(yī)文化》欄目榮獲“全國高校社科期刊特色欄目”。該獎項五年一評，自2009年以來，我刊已連續(xù)3次獲此殊榮。

　　2020年六月在報刊出版單位社會效益評價考核工作中，《南京中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報》獲得優(yōu)秀等級，《南京中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報（社會科學(xué)版）》獲得良好等級。

　　十一月江蘇期刊明珠獎評選結(jié)果揭曉，《南京中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報》“實驗研究”欄目和《南京中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報（社會科學(xué)版）》“中醫(yī)文化”欄目榮獲江蘇期刊明珠獎·優(yōu)秀欄目；“新型冠狀病毒肺炎專欄”及“‘學(xué)習(xí)習(xí)近平總書記關(guān)于中醫(yī)藥工作的重要論述’主題出版”榮獲江蘇期刊明珠獎·優(yōu)秀策劃。

　　十二月在第十二屆江蘇省科技期刊“金馬獎”評比中，《南京中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報》榮獲十佳精品期刊獎，這是學(xué)報首次獲得該獎項。

　　十二月《南京中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報》入選《世界期刊影響力指數(shù)（WJCI）報告（2020科技版）》，首次成為進入“中醫(yī)學(xué)與中藥學(xué)、結(jié)合與補充醫(yī)學(xué)”學(xué)科的28本全球期刊之一。

　　2021年 三月 《中文核心期刊要目總覽》2020年版編委會發(fā)來通知，《南京中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報》入編《中文核心期刊要目總覽》2020年版（第9版）中國醫(yī)學(xué)類核心期刊。這是《南京中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報》自2008年首次入選后，連續(xù)第5次入選北大中文核心期刊。

　　四月中國科學(xué)引文數(shù)據(jù)庫（CSCD）來源期刊遴選報告（2021-2022年度）公布，《南京中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報》再次入選CSCD核心庫（CSCD-C）來源期刊。這是自2017年以來，學(xué)報連續(xù)第3次入選CSCD核心庫。

　　十二月江蘇省新聞出版局印發(fā)表彰決定，公布第三屆江蘇省新聞出版政府獎獲獎出版物、出版?zhèn)髅饺诤享椖俊⒊霭鎲挝缓统霭嫒宋锩麊巍！赌暇┲嗅t(yī)藥大學(xué)學(xué)報》獲得第三屆江蘇省新聞出版政府獎期刊獎。

　　十二月第七屆華東地區(qū)優(yōu)秀期刊評選結(jié)果也于近日正式揭曉，《南京中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報》被評為第七屆華東地區(qū)優(yōu)秀期刊。