在中國質譜學會成立之前，于1980年9月出版了我國第一本質譜學期刊《質譜》，為中國質譜學會的成立準備了必要的條件。作為中國質譜學會的學術性刊物，進行了大量富有成效的學術交流，為促進我國質譜學事業的發展發揮了積極的作用。

自創刊以來，在中國科協、中國物理學會、中國科學院和主辦單位的關懷下，在理事會的直接領導下，得到了全國廣大質譜學工作者的大力支持，編委會和編輯部努力工作，同心協力，本刊經《質譜》—《質譜學雜志》—《質譜學報》，不斷健康成長。

《質譜學報》隨質譜學會的改選幾經更換辦刊地點，伴隨著學會的發展壯大而成長。現在《質譜學報》是經國家科委批準，中國質譜學會、北京中科科儀股份有限公司共同主辦的專業性學術期刊。