12月9日，國務院深化醫藥衛生體制改革領導小組辦公室發布了《關于建立國家基本藥物制度的實施意見》、《國家基本藥物目錄管理辦法（暫行）》和《國家基本藥物目錄（基層醫療衛生機構配備使用部分）》（2009版）三個文件。這標志著我國建立國家基本藥物制度工作正式實施。
　　
　　衛生部副部長、國家藥監局局長邵明立表示，世界衛生組織在1977年為發展中國家提出了基本醫療、基本目錄的提法，現在已經有170多個國家推行了基本藥物制度。作為基本藥物，它具備四個功能：臨床必需，少了它，就治不了病了；安全有效；使用方便；價格低廉。
　　
　　先期公布的《國家基本藥物目錄（基層醫療衛生機構配備使用部分）》（2009版），包括化學藥品和生物制品、中成藥共307個藥品品種，其中，前者有205個品種，包括阿莫西林、慶大霉素等臨床常用藥；中成藥共102個品種，包括安宮牛黃丸、板藍根顆粒、清開靈顆粒等。按照規定，這些基本藥物將全部納入基本醫療保障藥品報銷目錄，報銷比例明顯高于非基本藥物。
　　
　　文件詳細闡述了不得納入國家基本藥物目錄遴選范圍6種藥品，分別是：含有國家瀕危野生動植物藥材的；主要用于滋補保健作用，易濫用的；非臨床治療首選的；因嚴重不良反應，國家食品藥品監督管理部門明確規定暫停生產、銷售或使用的；違背國家法律、法規，或不符合倫理要求的；國家基本藥物工作委員會規定的其他情況。
　　
　　按照規定，屬于下列情形之一的品種，將從國家基本藥物目錄中調出：藥品標準被取消的；國家食品藥品監督管理部門撤銷其藥品批準證明文件的；發生嚴重不良反應的；根據藥物經濟學評價，可被風險效益比或成本效益比更優的品種所替代的；國家基本藥物工作委員會認為應當調出的其他情形。
　　
　　國家基本藥物目錄在保持數量相對穩定的基礎上，實行動態管理，原則上3年調整一次。必要時，經國家基本藥物工作委員會審核同意，可適時組織調整。北京大學中國經濟研究中心教授李玲表示，此次建立國家基本藥物制度具有劃時代的意義。新制度有三大亮點：首次建立國家基本藥物制度，并以國家的信譽為老百姓舉薦藥物；該制度是一個綜合配套工程，多個部門聯合參與并實施；制度強調了各部門的落實情況，有詳細的分工計劃，以便制度真真正正落到實處。