【雜志簡介】

　　《生物信息學(xué)》(BioInformatics)是由哈爾濱工業(yè)大學(xué)主辦的生物信息及相關(guān)領(lǐng)域的國內(nèi)外公開發(fā)行的學(xué)術(shù)刊物，報道我國生物信息技術(shù)研究開發(fā)的重要成果和國內(nèi)外生物信息技術(shù)及其產(chǎn)業(yè)化最新進展。主要刊載生物信息及相關(guān)領(lǐng)域的研究進展、綜述、研究論文、研究簡報、技術(shù)與方法、專題評論等學(xué)術(shù)文章。登載的研究論文應(yīng)是沒有在國內(nèi)外公開出版的刊物上發(fā)表過的原始研究工作報告;綜述進展應(yīng)結(jié)合作者研究領(lǐng)域的工作，對相關(guān)領(lǐng)域的發(fā)展及研究進展進行全面的介紹和評述，及時反映生物信息領(lǐng)域的發(fā)展熱點和最新進展;本刊還刊登有關(guān)生物信息技術(shù)國內(nèi)外研究開發(fā)動態(tài)、簡訊、產(chǎn)業(yè)政策與產(chǎn)業(yè)發(fā)展動態(tài)、學(xué)術(shù)活動與展會通知、書評、短評、啟事等文章。

　　【收錄情況】

　　國家新聞出版總署收錄

　　該刊被以下數(shù)據(jù)庫收錄：中國科學(xué)引文數(shù)據(jù)庫(CSCD—2008)

　　【欄目設(shè)置】

　　研究論文、研究簡報、綜述進展、學(xué)科前沿、論壇、技術(shù)與方法、研究快訊(Letter)、評論、動態(tài)、產(chǎn)業(yè)報道、知識產(chǎn)權(quán)、新書推介、展會報道等。

　　雜志優(yōu)秀目錄參考：

　　nc2Cancer：一個研究與癌癥相關(guān)人類非編碼RNA的數(shù)據(jù)庫 程卓，劉珂，嚴(yán)章明，向書念，孫之榮，CHENG Zhuo，LIU Ke，YAN Zhangming，XIANG Shunian，SUN Zhirong?

　　基于高通量測序的長穗偃麥草功能分子標(biāo)記發(fā)掘和分析 劉贏，張軍，敖游，宋麗莉，束永俊，LIU Ying，ZHANG Jun，AO You，SONG Lili，SHU Yongjun?

　　大鼠肝臟半乳糖凝聚素-3 cDNA分子多樣性分析 方恩浩，張珊珊，劉倩蕓，周建鐘，楊仙玉，F(xiàn)ANG Enhao，ZHANG Shanshan，LIU Qianyun，ZHOU Jianzhong，YANG Xianyu

　　基于EST數(shù)據(jù)的水稻基因表達大規(guī)模初步分析 宋東光，SONG Dongguang

　　基于氨基酸約化和統(tǒng)計特征的蛋白質(zhì)亞細(xì)胞定位預(yù)測 楊紅，徐慧敏，嚴(yán)壽江，陳靜，耿麗麗，姚玉華，YANG Hong，XU Huimin，YAN Shoujiang，CHEN Jing，GENG Lili，YAO Yuhua

　　農(nóng)林院校生物信息學(xué)專業(yè)數(shù)據(jù)庫技術(shù)課程教學(xué)改革芻議 鄭珂暉，溫永仙，ZHENG Kehui，WEN Yongxian?

　　ABIPGM測序平臺用于細(xì)菌基因組denovo測序的評價 黃方亮，HUANG Fangliang

　　基于微信公眾平臺的文獻定制服務(wù) 單光宇，盧一鳴，屈武斌，張成崗，SHAN Guangyu，LU Yiming，QU Wubin，ZHANG Chenggang

　　利用位點特異性打分矩陣對大腸桿菌啟動子的預(yù)測 閆妍，萬平，YAN Yan，WAN Ping?

　　高維蛋白質(zhì)波譜癌癥數(shù)據(jù)特征提取 吳文峰，劉毅慧，WU Wenfeng，LIU Yihui?

　　工程論文發(fā)表：DCS在苯乙醇加氫裝置中的應(yīng)用

　　摘 要：DCS(集散控制系統(tǒng))是現(xiàn)代生產(chǎn)型企業(yè)中的關(guān)鍵配置。苯乙醇加氫工藝具有高溫、高壓、易燃、易爆的特點，對過程控制系統(tǒng)提出了更高的要求。同時，苯乙醇加氫裝置中的重要裝置全面通過DCS系統(tǒng)進行控制，導(dǎo)致在設(shè)計與實施的過程中面臨更大的難度。該文對DCS在苯乙醇加氫裝置中的應(yīng)用進行了分析，最終形成了滿足工藝要求、操作要求的過程控制系統(tǒng)。

　　關(guān)鍵詞：苯乙醇加氫裝置,DCS系統(tǒng),項目管理

　　化工生產(chǎn)具有連續(xù)性，這一特點對控制系統(tǒng)的穩(wěn)定性、可靠性提出了更高的要求。DCS系統(tǒng)設(shè)計包括硬件系統(tǒng)設(shè)計和應(yīng)用軟件設(shè)計，信號分配是硬件系統(tǒng)設(shè)計和應(yīng)用軟件設(shè)計之間的界面，這三個方面的設(shè)計內(nèi)容是緊密相關(guān)，缺一不可的，共同為DCS系統(tǒng)的硬件配置和應(yīng)用軟件組態(tài)提供了完整的依據(jù)。通過對DCS在苯乙醇加氫裝置中的應(yīng)用進行研究，對于類似的項目實施與管理具有非常高的參考價值，為未來DCS系統(tǒng)在苯乙醇加氫裝置中的有效運用提供了參考與借鑒。

　　生物信息學(xué)最新期刊目錄

基于混合協(xié)同過濾算法的隨機游走模型預(yù)測lncRNA-疾病關(guān)聯(lián)————作者：汪穎;林家欣;

摘要：近年來，研究顯示lncRNA的突變和失調(diào)與許多復(fù)雜疾病密切相關(guān)。本文提出一種基于混合協(xié)同過濾算法的隨機游走模型來預(yù)測lncRNA-疾病關(guān)聯(lián)，簡稱HCRLDA。首先，分別將疾病語義相似性、lncRNA功能相似性及miRNA功能相似性分別與各自的高斯相似性集成，得到三個同構(gòu)相似性網(wǎng)絡(luò)。隨后，結(jié)合已知的疾病-lncRNA、疾病-miRNA、lncRNA-miRNA關(guān)聯(lián)信息構(gòu)建了一個原始的多層異構(gòu)相似性網(wǎng)...

基于異構(gòu)圖注意力網(wǎng)絡(luò)的水稻代謝物和蛋白質(zhì)關(guān)聯(lián)預(yù)測————作者：楊靜;羅音;沈笑;周犀;

摘要：在調(diào)節(jié)蛋白質(zhì)功能和控制各種細(xì)胞過程中，代謝物與蛋白質(zhì)的相互作用（Metabolite-protein interaction， MPI）至關(guān)重要。針對利用實驗方法和高通量代謝組轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合分析的傳統(tǒng)檢測MPI的方法，導(dǎo)致耗費物力和時間成本高的問題，提出了將深度學(xué)習(xí)領(lǐng)域新興的異構(gòu)圖注意力網(wǎng)絡(luò)應(yīng)用于植物MPI預(yù)測。因此，為了預(yù)測水稻的MPI，提出建立水稻代謝物與蛋白質(zhì)關(guān)聯(lián)預(yù)測模型OryHNCGAT(Or...

基于失巢凋亡相關(guān)lncRNAs的頭頸鱗癌新型預(yù)后模型構(gòu)建與驗證————作者：陳明月;夏欣;嚴(yán)艷;張麗;

摘要：為探討失巢凋亡相關(guān)lncRNAs（Anoikis-related lncRNAs，ARLs）在頭頸鱗癌（Head and neck squamous cell carcinoma，HNSCC）中的預(yù)后價值并構(gòu)建預(yù)后和免疫活性模型，從癌癥基因組圖譜（The cancer genome atlas，TCGA）數(shù)據(jù)庫下載 HNSCC患者的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)（RNA-sequencing，RNA-seq）和臨床資...

基于靶點結(jié)構(gòu)和分子片段的藥物分子設(shè)計神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型————作者：陸桂文;劉宏德;羅坤;

摘要：針對蛋白質(zhì)靶點設(shè)計適配分子是一項具有挑戰(zhàn)性的任務(wù)。近年，深度生成模型成功應(yīng)用于新藥分子設(shè)計。從原子等級構(gòu)建分子的模型容易生成不符合化學(xué)規(guī)律的結(jié)構(gòu)；開發(fā)容易合成、親和力高的分子設(shè)計模型依然是該領(lǐng)域的重要研究內(nèi)容。本文開發(fā)了一種面向靶點口袋的藥物分子設(shè)計模型，BFMOL。模型由兩個編碼器和一個門控自注意力解碼器構(gòu)成；編碼器用于提取靶點和配體分子的特征，解碼器實現(xiàn)兩種特征的關(guān)聯(lián)并解碼為分子片段概率，進而...

環(huán)狀RNA的ceRNA網(wǎng)絡(luò)分析揭示HLA-DRA與結(jié)直腸癌肝轉(zhuǎn)移的相關(guān)性————作者：毛鵬娟;陳大紅;李永靜;王松坡;李琴;

摘要：結(jié)直腸癌是全球第三大常見癌癥，其肝轉(zhuǎn)移顯著影響患者預(yù)后，本研究通過生物信息學(xué)手段構(gòu)建基于circRNA的競爭性內(nèi)源RNA（Competing endogenous RNA， ceRNA）網(wǎng)絡(luò)，探討其在結(jié)直腸癌肝轉(zhuǎn)移中的作用及與免疫浸潤的相關(guān)性，并尋找潛在的生物標(biāo)志物。從GEO數(shù)據(jù)庫下載無肝轉(zhuǎn)移和肝轉(zhuǎn)移結(jié)直腸癌患者的原位組織基因表達數(shù)據(jù)，使用R包篩選差異表達基因，包括circRNA， miRNA和m...

人工智能在細(xì)胞穿透肽預(yù)測中的研究進展————作者：李堯堯;李鈞翔;李旭輝;張瑾;

摘要：細(xì)胞穿透肽(Cell penetrating peptides， CPPs)是指能通過直接轉(zhuǎn)運或內(nèi)吞作用進入細(xì)胞的多肽，一般不超過30個氨基酸。CPPs可攜帶多種活性物質(zhì)進入細(xì)胞，有望成為新型的藥物遞送載體。傳統(tǒng)實驗方法獲得CPPs具有工作量大、通量低、周期長等問題；隨著計算生物學(xué)的發(fā)展，基于機器學(xué)習(xí)算法的人工智能模型提高了候選CPPs的預(yù)測效率。本文介紹了基于支持向量機、隨機森林、極限學(xué)習(xí)機、極...

基于機器學(xué)習(xí)的miRNA靶標(biāo)預(yù)測方法及相關(guān)數(shù)據(jù)庫研究進展————作者：蔣輝;羅思杰;

摘要：微小RNA（miRNA）通過與靶標(biāo)RNA非翻譯區(qū)的特定位點結(jié)合來調(diào)控基因表達。由于識別miRNA靶標(biāo)的高通量實驗方法昂貴且耗時，因此，研究可以準(zhǔn)確預(yù)測miRNA靶標(biāo)的計算方法具有重要意義。本文綜述了近年來基于機器學(xué)習(xí)的miRNA靶標(biāo)預(yù)測方法及miRNA靶標(biāo)相關(guān)數(shù)據(jù)庫。首先介紹了miRNA及其功能，闡明了miRNA靶標(biāo)預(yù)測的重要性。隨后，概述了常見的miRNA靶標(biāo)數(shù)據(jù)庫，這些數(shù)據(jù)庫為miRNA靶標(biāo)預(yù)...

基于生物信息學(xué)探索炎癥性腸病和肌少癥潛在相關(guān)基因特征及途徑分析————作者：賀娜;郝帥;楊永勤;張粉娜;張勝利;

摘要：基于生物信息學(xué)探討炎癥性腸�。↖nflammatory bowel disease，IBD）與肌少癥潛在的生物聯(lián)系，為IBD合并肌少癥的診斷和治療提供新思路。從GEO數(shù)據(jù)庫提取肌少癥和IBD的數(shù)據(jù)集，篩選出共表達基因，并進行功能富集分析、蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)(PPI)、轉(zhuǎn)錄因子(TF)-基因相互作用網(wǎng)絡(luò)和TF- miRNA協(xié)同調(diào)節(jié)網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建，最后通過DSigDB數(shù)據(jù)庫預(yù)測藥物分子。本研究共篩...

基于溶酶體相關(guān)基因的膀胱癌預(yù)后模型構(gòu)建————作者：黃聰穎;李永星;顧雪鋒;

摘要：膀胱癌（BLCA）的高復(fù)發(fā)率和預(yù)后不良是其治療失敗的主要原因。溶酶體作為癌癥治療的潛在靶點一直受到廣泛關(guān)注。然而，溶酶體相關(guān)基因（LRG）在BLCA中的作用仍然不明確。本研究采用綜合方法，利用差異分析、單因素Cox回歸、Lasso、隨機森林和多因素Cox回歸，來開發(fā)LRG評分。然后，將BLCA患者分為高分組和低分組，以檢查LRG評分與各種結(jié)果之間的關(guān)聯(lián)，包括預(yù)后、功能富集、免疫浸潤、免疫治療和單細(xì)...

基于非天然核酸的高密度DNA存儲編碼方法————作者：劉彥軍;楊越飛;胡迎新;

摘要：為了適配非天然核酸（dP，dZ，dS，dB）和天然核酸（A，T，C，G）的存儲，進一步提高DNA存儲密度，本文提出了一種基于非天然核酸的高密度DNA存儲編碼方法。該方法首先設(shè)計了控制GC含量和均聚物長度的動態(tài)輪轉(zhuǎn)映射算法，然后根據(jù)動態(tài)輪轉(zhuǎn)映射算法，提出了適配八核酸的七進制哈夫曼算法，提升了DNA存儲密度，最后利用七進制漢明碼實現(xiàn)了數(shù)據(jù)糾錯。對文本、圖片、音頻不同格式的文件利用該方法編碼后，該方法平...

Sestrin1蛋白的結(jié)構(gòu)及功能預(yù)測分析————作者：邵勇;宋昊云;劉芳;

摘要：為預(yù)測Sestrin1蛋白的結(jié)構(gòu)與功能，應(yīng)用生物信息學(xué)方法對該蛋白的理化性質(zhì)、二級結(jié)構(gòu)、三級結(jié)構(gòu)、蛋白質(zhì)相互作用和功能進行分析。結(jié)果顯示，Sestrin1是一種不穩(wěn)定的胞內(nèi)親水蛋白，無信號肽和跨膜區(qū)域，可發(fā)生磷酸化修飾。其二級結(jié)構(gòu)以α-螺旋為主，SESN-A和SESN-C為主要功能結(jié)構(gòu)域，通過殘基Cys130，Asp418和Asp419發(fā)揮抗氧化作用。本研究為進一步探討Sestrin1蛋白在高原紅...

中醫(yī)非藥物療法治療坐骨神經(jīng)痛作用機制————作者：李遠(yuǎn)志;黃江海;李志文;遲敬軒;方志遠(yuǎn);

摘要：基于生物信息學(xué)研究中醫(yī)非藥物療法治療坐骨神經(jīng)痛的物質(zhì)基礎(chǔ)與潛在作用機制，構(gòu)建相關(guān)miRNA-mRNA。通過高通量基因表達數(shù)據(jù)庫（Gene expression omnibus，GEO）數(shù)據(jù)庫檢索坐骨神經(jīng)痛相關(guān)芯片，分析得到差異表達基因。通過支持向量機特征消除算法（Support vector machine based recursive feature elimination，SVM-RFE）和...

機器學(xué)習(xí)結(jié)合生物信息學(xué)鑒定多發(fā)性硬化癥的關(guān)鍵基因————作者：黃新蒙;蘇凌昊;楊一帆;喬文慧;何家霖;趙培源;劉喜紅;

摘要：本研究基于生物信息學(xué)和機器學(xué)習(xí)方法探究多發(fā)性硬化癥（Multiple sclerosis， MS）的關(guān)鍵基因，從GEO數(shù)據(jù)庫獲取MS基因表達譜GSE21942和GSE32988，GSE32988作為驗證數(shù)據(jù)集，采用主成分分析（Principal component analysis， PCA）評估樣本聚類情況，篩選差異表達基因（Differential expression analysis， D...

食管鱗狀細(xì)胞癌差異類泛素化調(diào)節(jié)因子的篩選及生物信息學(xué)分析————作者：孫清超;晉偉明;張力為;李少杰;李德生;

摘要：基于公共數(shù)據(jù)庫探究食管鱗癌（Esophagealsquamouscellcarcinoma，ESCC）中差異表達的類泛素化調(diào)節(jié)因子及潛在的功能。從TCGA數(shù)據(jù)庫中獲取1個食管鱗癌數(shù)據(jù)集進行類泛素化調(diào)節(jié)因子的差異分析。用單因素Cox回歸和套索回歸（LASSO）篩選與預(yù)后相關(guān)的關(guān)鍵基因。利用Cox回歸構(gòu)建預(yù)后模型評估關(guān)鍵基因的獨立預(yù)后價值。通過收集食管鱗癌患者癌組織與癌旁組織行RT-qPCR分析，初步...

基于機器學(xué)習(xí)篩選自噬相關(guān)糖尿病腎臟疾病的診斷基因及免疫浸潤分析————作者：康意;靳茜;周夢琪;鄭慧娟;李丹文;王耀獻;呂杰;

摘要：為探討自噬相關(guān)基因（ARGs）在糖尿病腎臟疾病（DKD）中的作用，通過機器學(xué)習(xí)方法篩選潛在的診斷基因，為DKD的早期診斷和治療提供新的生物標(biāo)志物和治療靶點。從HADb數(shù)據(jù)庫獲取ARGs，對GSE96804數(shù)據(jù)集進行差異表達分析獲得差異表達基因（DEGs），并與ARGs取交集后篩選出DKD-ARGs基因進行GO和KEGG富集分析。使用4種機器學(xué)習(xí)方法（LASSO，SVM，RF和BORUTA）篩選診斷...

基于拓展通路的膠質(zhì)母細(xì)胞瘤預(yù)后預(yù)測————作者：張巧生;許俊杰;韋亞龍;孫振宇;張恒;仲兆滿;

摘要：膠質(zhì)母細(xì)胞瘤(Glioblastoma，GBM)是顱內(nèi)侵襲性最強、預(yù)后效果最差的原發(fā)惡性腫瘤，因為表達數(shù)據(jù)的高維度特性導(dǎo)致預(yù)后預(yù)測方面的結(jié)果精度很低。構(gòu)建能夠解決高維、低樣本量數(shù)據(jù)的魯棒計算問題的預(yù)后預(yù)測模型對GBM的醫(yī)學(xué)研究具有積極意義，并且這一領(lǐng)域目前仍未有較好的解決方案。本研究提出了一種拓展通路關(guān)聯(lián)的深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)(EPDNN)，使用基于圖論的拓展基因通路的方式，將緊密的調(diào)節(jié)基因加入到通路中，...

序列數(shù)據(jù)庫搜索系統(tǒng)BLAST簡介————作者：羅靜初;

摘要：基于局部序列相似性比對的數(shù)據(jù)庫搜索系統(tǒng)BLAST是生物信息學(xué)領(lǐng)域常用工具之一。本文首先介紹數(shù)據(jù)庫相似性搜索的基本概念，包括計分矩陣、空位罰分，以及靈敏度和特異度等；以血紅蛋白alpha和beta亞基為例，說明BLAST搜索基本策略，包括分割種子串、確定近鄰串、搜索高分對、延伸高分對、計算期望值等。討論種子序列字長、計分矩陣、空位罰分等對搜索結(jié)果的影響。介紹blastp，blastx，blastn和...

生物信息學(xué)2024年第22卷總目次

摘要：<正>~

基于Linux系統(tǒng)構(gòu)建lncRNA-seq生物信息學(xué)本地分析平臺————作者：黃平平;王佳容;單亞男;周百靈;

摘要：長非編碼RNA（Long noncoding RNA， lncRNA）是一類轉(zhuǎn)錄本長度大于200 nt、缺乏蛋白質(zhì)編碼能力的RNA分子，可通過與mRNA、蛋白質(zhì)和miRNA等分子相互作用從而以多種形式在不同水平調(diào)控基因表達。近年來，lncRNA在人類疾病發(fā)生發(fā)展、動物生長發(fā)育和植物應(yīng)對環(huán)境脅迫等方面的研究一直是國內(nèi)外研究熱點和持續(xù)關(guān)注的焦點。目前，關(guān)于人類、動植物lncRNA的研究主要采用lncR...

基于深度學(xué)習(xí)的PacBio測序數(shù)據(jù)DNA甲基化檢測方法————作者：劉亞東;劉忠宇;崔淼;盧振浩;楊忠博;王亞東;

摘要：DNA甲基化是存在于真核細(xì)胞中的一種關(guān)鍵的表觀遺傳修飾形式，它能在不改變堿基序列的前提下控制基因表達，并影響生物的發(fā)展進程。研究DNA甲基化有助于揭示發(fā)育過程中的表觀遺傳調(diào)控機制，為疾病診斷和精準(zhǔn)醫(yī)療的發(fā)展提供重要支撐。Pacific Biosciences（PacBio）的單分子實時測序技術(shù)能夠進行單分子甲基化檢測，無需依賴化學(xué)轉(zhuǎn)換過程保留了更完整的表觀遺傳信息；并且能夠產(chǎn)生平均長度達10 00...

　　相關(guān)科技期刊推薦

• 北大核心高校應(yīng)用數(shù)學(xué)學(xué)報A輯(中文版)
• 省級世界地質(zhì)英文版
• 省級《影像技術(shù)》
• 北大核心《工業(yè)水處理》
• 省級船舶設(shè)計通訊
• 國家級《航天標(biāo)準(zhǔn)化》
• 國家級中國廢鋼鐵
• 省級河北北方學(xué)院學(xué)報(社會科學(xué)版)
• 北大核心《西安科技大學(xué)學(xué)報》
• 省級艦船電子工程
• 省級《湖南安全與防災(zāi)》
• 國家級《現(xiàn)代測量與實驗室管理》
• 北大核心《化學(xué)工業(yè)與工程》
• 國家級電源世界
• 北大核心《鑿巖機械氣動工具》
• 學(xué)報《河南城建學(xué)院學(xué)報》
• 省級滁州職業(yè)技術(shù)學(xué)院學(xué)報
• 省級中小型電機
• 省級建筑界
• 省級減速頂與調(diào)速技術(shù)
• 國家級石油化工技術(shù)與經(jīng)濟
• 國家級軍事體育學(xué)報
• 省級西安航空學(xué)院學(xué)報
• 省級《電工電氣》
• 省級《數(shù)學(xué)研究》
• 國家級中國耐火材料
• 省級《東莞理工學(xué)院學(xué)報》
• 國家級《長江大學(xué)學(xué)報 》（社會科學(xué)版）
• 省級深空探測學(xué)報
• 省級試驗技術(shù)與試驗機

　　核心期刊推薦

毛紡科技

上海紡織科技

科技與出版

中南林業(yè)科技大學(xué)學(xué)報